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L'Accademia Nazionale dei Lincei intrattiene rapporti di cooperazione con molte accademie nazionali estere, tra le quali le accademie di Austria, Belgio, Israele, Lettonia, Polonia, Romania, Regno Unito.

L'Accademia rappresenta l'Italia nell'ambito delle principali organizzazioni accademiche internazionali, quali l'InterAcademy Panel on International Issues (IAP), l'InterAcademy Medical Panel (IAMP), l'All European Academies Network (ALLEA), l'European Academies' Science Advisory Council (EASAC),  Groupe Inter-académique pour le Développement (GID), Euro Mediterranean Academic Network (EMAN) - Presentazione EMAN (pdf).

Conferenze Amaldi
In collaborazione con molte accademie scientifiche straniere, l'Accademia promuove ogni anno, dal 1988, un ciclo di conferenze internazionali intitolato a Edoardo Amaldi sui temi della sicurezza globale e del controllo degli armamenti.